Publicado en 1996, Expediente J es la hilarante parodia de Ibáñez a la famosa serie de televisión Expediente X. En la T.I.A. comienzan a suceder fenómenos paranormales inexplicables (objetos que se mueven solos, luces extrañas) y el Súper teme una invasión extraterrestre o una conspiración oculta. Mortadelo y Filemón deben investigar estos "Expedientes J" (de "Joda", por lo difícil del caso). La trama lleva a los agentes a enfrentarse a situaciones absurdas que parodian el misterio y la ciencia ficción, culminando con la revelación de que gran parte del caos se debe a un virus microscópico (o a las meteduras de pata del Profesor Bacterio), todo ello con el humor visual característico del autor.