En el nuevo mundo nacido tras los eventos de la serie original, Homura Akemi lucha en solitario, atormentada por los recuerdos de la muerte de Madoka. Sus profundos sentimientos dan lugar a una nueva y oscura historia. De manera inesperada, Madoka Kaname y Sayaka Miki aparecen frente a Homura, a pesar de que su existencia en esta realidad debería ser imposible. Junto a ellas, la nueva y misteriosa Puella Magi, Nagisa Momoe, parece guardar la clave de esta paradoja. Mientras tanto, una nueva amenaza emerge, desafiando el orden divino y poniendo en peligro al mundo. Esta es la continuación de la saga de Puella Magi Madoka Magica, donde la lealtad, la memoria y el sacrificio se entrelazan en un conflicto cósmico.