Código secreto dúo conserva los elementos básicos de Código secreto dúo: dar pistas de una palabra para que alguien identifique a tus agentes entre los que están sobre la mesa, pero ahora trabajan en equipo para encontrarlos a todos. (¡Los investigadores del Congreso les preguntarán por qué aún no saben quiénes son sus agentes más adelante!) Para preparar el juego, coloca 25 tarjetas de palabras en una cuadrícula de 5x5. Coloca una tarjeta clave en el soporte de modo que cada jugador vea una cara de la tarjeta. Cada jugador ve una cuadrícula de 5x5 en la tarjeta, con nueve casillas verdes (que representan a tus agentes) y tres negras (que representan a los asesinos). Tres de las nueve casillas de cada lado también son verdes en el otro lado, un asesino es negro en ambos lados, uno es verde en el otro lado y el otro es un transeúnte inocente en el otro lado. En conjunto, deben revelar a los quince agentes, sin revelar a ningún asesino, antes de que se acabe el tiempo para ganar la partida. Cualquier jugador puede decidir dar la primera pista de una palabra al otro jugador, junto con un número. Quien reciba la pista coloca un dedo en una tarjeta para identificar a ese agente. Si acierta, puede intentar identificar a otro. Si identifica a un transeúnte, se acaba el tiempo de adivinación. Si identifica a un asesino, ¡ambos pierden! A diferencia de los nombres en clave normales, pueden seguir adivinando mientras identifiquen a un agente cada vez; esto es útil para revisar pistas anteriores y encontrar las que se les escaparon. Tras dar la primera pista, los jugadores se turnan para dar pistas.